@Gorni (4481):
"Tudod, én csak egy naív laikus vagyok, akinek a hit a legfontosabb. De te a tudomány embere vagy, és az eszközeid is megvannak ahhoz, hogy PONTOSÍTSD, amit írok (ha logikus). "
Pontosítani egyedül te tudod, amit mondasz, mert én nem tudom, hogy te mit értesz a te magad által kitalált "fehérje-fehérje kapcsolat" szakkifejezés alatt. A biológia fehérjekomplexeket ismer, amit ezekről tudni kell, azt leírtam a 4478 -as és a 4452 -es hozzászólásban, amikre semmit sem válaszoltál, csak mellébeszéltél. Ha valamit nem értesz, kérdezz, nagyon szívesen válaszolok, mint ahogy eddig is ezt tettem, ha visszaolvasod a hozzászólásaimat! Nem tudom pontosítani, hogy te mit értesz a "fehérje-fehérje kapcsolat" alatt, mert nem mondtad meg mit is jelent ez a kifejezés. Ez olyan, mintha felkérnélek, hogy pontosítsd a kurtyukurtya kifejezést, amit most találtam ki!
"Ám úgy tűnik, neked nem ez a fontos, nem segíteni akarsz, hanem... Kíváncsi vagyok, mikor jössz rá, hogy ez a taktika mire vezet. Sok sikert."
Segítettem. Pontosan elmagyaráztam, mik is azok a fehérjekomplexek, mit kell róluk tudni, hogyan mérjük egy kölcsönhatás erősségét. Sőt, segítő kérdéseket is feltettem, amik mentén te magad is rátalálhatsz ezekre a válaszokra. Tudod, mint feltörekvő elméletalkotónak, aki cáfolni akar egy százötven éves elméletet, talán elvárható lenne, hogy ne csak a sült galambot várd, hanem magad is egy kis munkát fektess ebbe a dologba, nem? Vagy úgy érzed, hogy az tökéletesen rendben van, hogy mozgalmat indítotok annak a hirdetésére, hogy az evolúció elméletnek micsoda hibáit találtátok meg, majd kijelented, hogy neked, bár cikkeket írogatsz az evolúció cáfolatára, nyilvános fórumokon próbálsz erről vitát kezdeményezni, laikusokat meggyőzni, sőt, nyílt leveleket írsz alá, hogy az iskolákban tanítsák az elméletedet, segítség kell, hogy utánanézz azoknak az adatoknak, amikre az elméletedet építed? Akkor eddig mi alapján érveltél?
"Neked mi lenne az elfogadható vizsgálati modell, ha az evolúció új struktúrákat építő képességét kellene felmérni?"
A te példaként hozott modellrendszeredről volt szó. Annyit kérdeztem csak, hogy neked mit jelent a "fehérje-fehérje kapcsolat" szó, a biológia nyelvén, vagyis nem kitalált szakkifejezésekkel elmondva, semmi bajom sem volt a modellrendszereddel. Amíg ezt nem mondod meg, addig bármilyen rendszert vizsgálhatunk, ha nem tudom, mit jelent neked az általad használt "fehérje-fehérje kapcsolat" kifejezés, akkor sajnos csak tök fölöslegesen, mert ugyanúgy nem tudjuk majd, miről beszélsz, akár maláriaáról, fágexpressziós könyvtárakról, Escherichia coliról, emberről, egérről, vagy ecetmuslicáról van szó.
"Te szakember vagy. Az olyan sejtszervek, mint az E.coli ostora hogyan épül fel egymáshoz kapcsolódó fehérjékből? Milyen erős köztük a kapcsolat, hogy képesek legyenek együtt "hajtóműként" funkcionálni? "
Érdekes, még a te elméletedre is nekem kell adatokat keresni? Nem neked kellene? A legfurcsább ebben az, hogy ezt a kérdést már vagy kétszer föltettem neked, de még nem válaszoltál rá, helyette fölteszed nekem.
Nézd, ha hajlandó vagy normálisan hozzáállni a kérdéshez, akkor elkezdhetjük előről. Nálam a normális hozzáállás azt jelenti, hogy válaszolsz a kérdésekre, visszafogod az arcoskodást, ha nincs mire és megpróbálsz logikusan gondolkodni. Ha valamit nem értesz, nyugodtan megmondhatod, egyrészt úgyis rájövök, mint a mellékelt ábra mutatja, másrészt nem szégyen bevallani, ha valamit nem tudsz. Ahogy felénk mondják: Aki kérdez, hülye. Aki nem kérdez, hülye marad. Attól, hogy például nem tudod megmondani, mennyi az a disszociációs állandó, amitől már "kapcsolatról" beszélsz, még lehet igazad, csak ezt meg kellene mutatni. Igazat mondani könnyű, bebizonyítani művészet. Kicsit visszavenni az arcból és némi alázattal közelíteni a tudományhoz, mert azért, mint látod a tévedhetetlennek tartott ÉRTEM-források gyakran mégiscsak pontatlanok.
Ha hajlandó vagy figyelni a jó szóra, szívesen eligazítalak, amennyire tőlem telik, bár azért felhívnám a figyelmedet, hogy az egyetemeken nálam jóval okosabb emberek tanítanak, sokkal jobb képzést tudnak adni, ha tényleg érdekelnek a biológia kérdései mégiscsak egy egyetemet javasolnék.
"Adj egy halat egy embernek, és egy napra elláttad élelemmel. Tanítsd meg horgászni, így egy életre elláthatod táplálékkal."
Első lecke, adatgyűjtés: Nyilván önállóan szeretnél majd ez után gondolkodni, nem azt szeretnéd, hogy én szakirodalmazgassak ki neked mindent.
www.google.com -> flagellum "dissociation constant"
Az első négy találat fehérje-DNS kölcsönhatásoról szól, most kihagyjuk.
Az ötödik viszont érdekes: Enhanced Binding of Altered H-NS Protein to Flagellar Rotor Protein FliG Causes Increased Flagellar Rotational Speed and Hypermotility in Escherichia coli Gina M. Donato and Thomas H. Kawula:
Ingyér hozzáférhető, elolvashatod te is. Mit csináltak a szerzők? Fogták a H-NS fehérjét kódoló gént, véletlen mutációkat generáltak benne és megnézték, hogyan hat ez a sejt mozgékonyságára. A H-NS null mutáns sejtek nem mozogtak, ha visszapótolták a H-NS fehérjét, mozogtak. A H-NS pontmutánsok közül azonban a hnsT108I és a hnsA18E mutánsok (Egy-egy aminosavcserét hordoznak a vad típusú fehérjéhez képest) kétszer gyorsabban úsztak, mint a vad típusú sejtek. Mivel ismert, hogy a H-NS az ostort felépítő fehérjéket kódoló géneket szabályozza, megnézték, hogy ezeknek a sejteknek nincs -e több ostora, mint a vad típusúaknak? A válasz, nem, nincs. Az E. coli úszása egyenes vonalú és rezgő szakaszokból áll, megvizsgálták, hogy a különbséget okozhatja -e, hogy a mutáns bacik többet úsznak egyenes vonalban és kevesebbet rezegnek, de nem, nem ez a helyzet. Megviszgálták, hogy ezeknek a baciknak gyorsabban forog -e az ostora? A válasz igen, másfélszer gyorsabban forog minden egyes ostoruk, mint a vad típusúnak. (Tudod, így javulhat egy EÖ rendszer "funkciója"...) Megmérték a H-NS - FliG fehérjekomplex disszociációs állandóját: Kd=2,15 mikroM Ezek után megvizsgálták a mutáns H-NS kötését és arra jutottak, hogy 50% -kal stabilabb a H-NST108I - FliG komplex, mint a vad típusú H-NS - Fli G komplex.
Újabb pár lényegtelen találat, majd: Restoration of flagellar clockwise rotation in bacterial envelopes by
insertion of the chemotaxis protein CheY SHOSHANA RAVID, PHILIP MATSUMURA, AND MICHAEL EISENBACH Proc. Nati. Acad. Sci. USA Vol. 83, pp. 7157-7161, October 1986
A CheY fehérje köt a Salmonella typhimurium otorához, és megfordítja anna forgásirányát. Ez a komplex Kd=7 mikroM erősségű kölcsönhatást jelent.
Újabb lényeges cikk: Coupling of Flagellar Gene Expression to Flagellar Assembly in Salmonella enterica Serovar Typhimurium and Escherichia coli Gavin S. Chilcott, Kelly T. Hughes Microbiology and Molecular Biology Reviews, December 2000, p. 694-708, Vol. 64, No. 4
Az FlgM fehérje a szigma faktorhoz Kd= 2X10^-10 M erővel köt. A szigma faktor az RNS polimerázzal Kd=8X10^-10 M erősségű komplexet alkot.
Újabb cikk: The flagellar anti-ς factor FlgM actively dissociates Salmonella typhimurium ς28 RNA polymerase holoenzyme Meggen S. Chadsey, Joyce E. Karlinsey, Kelly T. Hughes1
Az FlgM - szigma faktor komplex erősségét az FlgM pontmutációi befolyásolják, az egyik négyszeresére növeli a Kd értéket, a másik tízszeresére, ezzel jelentősen gyengítik a komplexet. Az igazi érdekesség az, hogy a szigma holoenzim magában Kd=5x10^-10 M erősségű komplexet alkot, de ha az oldathoz FlgM fehérjét is adtak, ez a komplex négyszer gyengébb lett. Vagyis itt az FlgM fehérje két másik fehérje közti kölcsönhatást befolyásolt. Ezt kezeli valahogy a modelled?
Látod, az első keresés kétezerhatszáz találatából összesen csak harmincat pörgettünk át és máris megvannak a téged érdeklő adatok, vagyis ostorfehérjék disszociációs állandói és adatok arról, hogy egyes pontmutációk hogyan változtatják meg ezeket. Az egész tellett egyetlen google keresésbe és vagy egy óra olvasásba. Minden felsorolt közlemény ingyenes, bárki számára elérhető. Ne mondd, hogy ezeknek az adatoknak a megszerzéséhez bármilyen különleges ismeret, vagy elhivatottság szükséges, egyszerűen csak annyi, hogy elkezdd keresni a választ a kérdésekre és kész.
Tehát ennek fényében, hogy most már tudod, hogyan kell ennek nekifogni, tudsz válaszolni a kérdésekre! Úgy, ahogy egy tudós nekiállna ennek a munkának, aki az igazságot keresi. Megkeresed, kinek a közleményére hivatkozik Behe a könyvében, előkeresed a közleményt (
www.pubmed.com) (Ha fizetős, írsz a szerzőnek egy E-mailt és elküldi ingyen.), megnézed benne mi is volt a kísérlet, amit végeztek és milyen erősségű komplexeket kerestek. Eldöntöd, te milyen Kd értékű komplexet nevezel "fehérje-fehérje kapcsolatnak", megindoklod, hogy miért (Pl: kikeresed a kedvenc ostorfehérjéid disszociációs állandóit, ahogy mutattam), kikeresed a cikkből, hogy ilyen erősségű kölcsönhatást a véletlenszerűen előállított peptidek mekkora hányada alakított ki a csalifehérjével. (Ha elakadsz valahol, például nem tudsz beszerezni egy közleményt, vagy nem vagy biztos egy fejezet értelmezésében, udvariasan segítséget kérsz, például ezen a fórumon.) És ekkor megkapod azt a bizonyos esélyt, amiről egészen eddig beszéltél, úgy, hogy a legkényesebb ízlésű biológus is csak bólint rá, hogy ezek bizony valóban szilárd adatok, erről már van értelme beszélni, nem csak a levegőbe locsogsz, hanem tényleg komoly munkát fektettél az elméletedbe. Már ha van erre kellő kitartásod és ha tényleg az igazságot keresed, választ a kérdéseidre, nem csak töltelékszöveget a hited "indoklására". Ha nincs és inkább maradsz a mellébeszélésnél, akkor sajnálom, de ez a te döntésed, én ebben a képletben sehol sem szerepelek, senkit sem lehet korbáccsal kényszeríteni a tudományos módszer használatára.
