@ennyi (62420): "Szintetizaltatok negy feherjemolekulat, amiket RpoA,
RpoB, RpoC, RpoD.
Olyan kornyezetbe (6M urea oldat) teszem, ahol a
feherjelancok teljesen veletlenszeruen
szettekerednek, nincs semmi szerkezet, csak lancok.
Osszekeverem oket."
Mi okból tekerednek szét?
"Lassan eltavolitom az ureat (dializissel).
Azt tapasztalom, hogy a negy feherje A2BCD
komplexet alkot, aktiv mukodokepes RNS polimeraz
enzimet kaptam."
Mi okból alkotnak komplexet?
Szintetizalok (vagy szintetizaltatok) egy 100 bp hosszu
DNS darabot, aminek a kozepen TTGACA majd 17
bazisparral arrebb TATAAT a bazissorrent, a tobbi
most lenyegtelen.
Hozzaadom az elobb osszerakott (azaz magatol
osszerakodott) RNS polimerazhoz.
Mi az, hogy MAGÁTÓL összerakódott? Információ kell ehhez ,ami tkp mi is?
"Az RNS polimeraz a fent megnevezett ket 6 bazisnyi
szakaszhoz fog kotodni (az RpoD alegyseg az ami ezt a
specifikus kotest letrehozza),"
Na de miért és hogyan hozza létre? Kommunikál valamilyen módon? Hogyan? Mi a fizikai vagy kémiai indoka ennek?
" majd a TATAAT utani kb
10 bazisparnyi szakaszon a DNS ket szala elvalik
egymastol, es az egyik szal az RNS polimeraz aktiv
centrumahoz vandorol."
Mi okból válik el? Miért vándorol? Honnan tudja a centrum helyét?
"Szintetizaltatok ATP, GTP, CTP es UTP nevu kis
molekulakat (nukleotid trifoszfatok). Hozzadom az
elobbi RNS polimeraz-DNS komplexhez.
Ezek a nukleotidok parba allnak a DNS egyik szalan
levo oket kiegeszito bazisokkal (A-T es G-C a
kiegeszito parok),"
Mi okból találják meg egymást? Honnan tudják, hogy párba kell állniuk?
"es az RNS polimeraz enzim
katalizalja azt, hogy osszekapcsolodjanak, mikozben
nagyenergiaju trifoszfat kotes felszakad (ez adja az
energiat folyamathoz)."
Mit fed a katalizálás? Miért szakad fel? Mi az oka?
"Az eredmeny egy rovid RNS molekula lesz. A fenotipus
az, hogy ez az RNS ott van.
Igy mukodnek a genek."
Hogyan működhet valami, ami csak egy molekulahalmaz?
"Vedd eszre, hogy en csak kulonbozo molekulat oldatait
olntottem es kevertem ossze, minden lepesben fiziko-
kemiai szabalyok alapjan ezek a molekulat
kapcsolodtak, es genmukodes tortent. Ilyen lepesek
sorozata az elet mukodese."
Fizikokémiai szabályok? Mi az alapja e szabályoknak? Miből erednek? Miért pont olyanok, amilyenek, mi határozza meg ezt?
"Alapvetoen a molekulak diffuzival kozlekednek,
veletlenul maszkalnak az oldatban, a trukk az, hogy
ha megfelelo molekulak talalkoznak, akkor azok
hosszabb-rovidebb idore osszetapadnak, es nagyon
bonolult szerkezetekke alnak ossze."
De mi okból állnak össze?
"Termeszetesen leegyszerusitve irtam, de keresedre
reszletes protokollt is tudok kuldeni, ez nalunk a
laborban igy rutin, az egyetemistak is meg tudjak
csinalni, es csinaljak is."
Kösz, de ez csak folyamatleírás volt, nem okmagyarázat.